Efter at have forpurret Bowsers tidligere plan om at gifte sig med prinsesse Peach, står Mario og Luigi nu over for en ny trussel i Bowser Jr., som er fast besluttet på at befri sin far fra fangenskab og genoprette familiens arv. Sammen med nye og gamle ledsagere rejser brødrene tværs over stjernerne for at stoppe den unge arvings korstog.